目的 研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪的亲缘关系.方法 扩增102 头西藏小型猪以及16 头巴马小型猪、17 头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪进行比较.结果 西藏小型猪线粒体DNA D-loop区分三个区域.串联重复序列区处于中间位置,包含有15～29 个10 bp的重复片段,分为A、B 两种类型.D-loop 3′端340 bp,与国内其他猪的序列相同比较保守;5′端704 bp,共有22个变异位点.由22 个变异位点中归纳出25 个单倍型,其中有两种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%.根据三个转换位点:305、500、691,将西藏小型猪分成了两组,几乎与串联重复序列所分的A、B两组类型相对应.与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5′端变异位点较少,分别只有4 种和2 种单倍型,串联重复区也只有一个类型.结论 西藏小型猪可能有两个母系祖先并且与我国西南地区的品种猪有较近的亲缘关系;不同的串联重复片段类型和5′ 端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记.