• 首页
  • 期刊介绍
  • 编委会
  • 投稿指南
  • 期刊订阅
  • 广告合作
  • 留言板
  • 联系我们
  • English
刘小花.猪圆环病毒 2 型感染人源细胞的转录组分析[J].中国比较医学杂志,2020,30(6):17~24.
猪圆环病毒 2 型感染人源细胞的转录组分析
Transcriptome analysis of human cells infected with porcine circovirus type 2
投稿时间:2020-03-16  
DOI:10. 3969 / j.issn.1671-7856. 2020. 06. 003
中文关键词:  猪圆环病毒 2 型  转录组测序技术  抗病毒  实时定量  基因表达
英文关键词:porcine circovirus type 2  RNA-seq technology  antivirus  Real-time PCR  gene expression
基金项目:
作者单位E-mail
刘小花 吉林大学动物科学学院,长春 130062 lxh18@ jlu.edu.cn 
摘要点击次数: 134
全文下载次数: 32
中文摘要:
      目的 圆环病毒 2 型(porcine circovirus type 2,PCV2)能否感染人类细胞一直都是一个争论的话题。本研究通过转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术分析 PCV2 感染人源细胞后的差异表达基因及其相关的信 号通路、生物学功能,以期为人源细胞对 PCV2 及其他病毒产生抗病毒效应的研究提供参考。 方法 用 PCV2 感染 HeLa 细胞,然后进行 RNA-seq 技术分析,筛选与抗病毒反应相关的差异表达基因( differentially expressed genes, DEGs),并通过实时定量 PCR 进一步验证。 结果 在感染 PCV2 的 HeLa 细胞中共注释到 15402 个 UniGenes,其中有 387 个 DEGs(包括 267 个上调基因和 120 个下调基因)。对生物过程类 DEGs 进行 GO 富集和 KEGG 通路分析, 发现富集基因要参与应激反应(97 / 291 DEGs) 和免疫系统过程(80 / 291 DEGs),其中最显著两条途径的基因是 NOD 样受体信号途径(21 / 170 DEGs)和单纯疱疹病毒感染途径(22 / 170 DEGs)相关差异表达基因。 结论 PCV2 感染 HeLa 细胞之后,改变了细胞的表达谱,获得的 DEGs 及其功能注释信息有助于理解其抗病毒机制,对于了解 PCV2 感染人源细胞所产生的免疫反应及抗病毒效力提供依据。
英文摘要:
      Objective Whether porcine circovirus type 2 (PCV2) can infect human cells is controversial. To study the antiviral effects of human cells on PCV2 and other viruses, we analyzed differentially expressed genes (DEGs) and their related signaling pathways and biological functions in PCV2-infected human cells by transcriptome analysis (RNA sequencing, RNA-seq). Methods HeLa cells were infected with PCV2, and then analyzed by RNA-seq to screen DEGs related to antiviral reactions. The DEGs were further verified by Real-time quantitative PCR. Results A total of 15402 UniGenes and 387 DEGs, including 267 upregulated genes and 120 downregulated genes, were annotated in human HeLa cells infected with PCV2. The most abundant Gene Ontology (GO) terms were response to stress ( 97 / 291 DEGs) and immune system process (80 / 291 DEGs). The most significant pathways were the nucleotide-binding and oligomerization domain ( NOD)-like receptor signaling pathway ( 21 / 170 DEGs ) and herpes simplex infection ( 22 / 170 DEGs ). Conclusions The gene expression profile of HeLa cells significantly changed after PCV2 infection. The result obtained in this study will help understand the antiviral mechanism of human cells and may provide a basis for understanding the immune response and antiviral efficacy of human cells infected with PCV2.
查看全文  查看/发表评论  下载PDF阅读器
关闭
您是第 3562374 位访问者
版权所有:中国实验动物学会 主管单位:中国科学技术协会 主办单位:中国实验动物学会 中国医学科学院医学实验动物研究所
地  址: 北京市朝阳区潘家园南里5号 邮编:100021 电话:010-67779337 E-mail:bjb@cnilas.org
本系统由北京勤云科技发展有限公司设计
微信关注二维码