通过对40只普通棉耳型狨猴的大便培养研究发现，大肠杆菌(Eseherichia coli)的分离率为100％。在肠道兼性需氧菌群中所占比例为10％～95％，粪肠球菌(Escherichia faecalis)的分离率为90％所占比例为4％～60％，葡萄球菌(Genns steaphylococcus)、变形杆菌(Proteus)分离率分别为55%和58％，此外还分离出产气肠杆菌(Enteobacler derogenes)、白色念珠菌(Candida albicans)等9种细菌。其中大肠杆菌、粪肠球菌的分离率及所占比例同人类肠道菌群近似，而葡萄球菌及变形杆菌分离率及比例同人类肠道菌群的差异较大.