目的分析比较大耳白黑眼兔（WHBE兔）封闭群与日本大耳白兔（Jw兔）、新西兰兔（NZW兔）基因组存在的微卫星结构，研究WHBE兔封闭群的微卫星多态性。方法利用21个微卫星位点，通过微卫星分子标记技术对WHBE兔封闭群、Jw兔和NZW兔进行遗传多样性检测和对比。结果根据初步结果，在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对引物。WHBE兔封闭群在每个位点上的等位基因数为3～8个不等，11个位点的平均有效等位基因数为2．0402个，平均杂合度为0．4810；Jw兔在每个位点上的等位基因数为2～8个不等，11个位点的平均有效等位基因数为3．6077个，平均杂合度为0．5039；NZW兔在每个位点上的等位基因数为3～9个不等，11个位点的平均有效等位基因数为2．6537个，平均杂合度为0．5334。WHBE兔封闭群在11个微卫星位点上的平均多态信息含量（PIC）为0．6005，多位点累积个体识别率达到100％，多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9613，而在得知任一亲本信息的情况下，CPE值高达0．9973。在11个微卫星座位中，9个位点上出现了WHBE兔封闭群特有等位基因，其中在Sat2、Sat5、Sat7、Sat12、Sat13、Sat16、S0144和INRACCDDV0003八个位点上WHBE兔封闭群的特有等位基因为一个，在sat8位点上为两个。结论WHBE兔8个位点的平均杂合度、平均有效等位基因数均比JW兔及NZW兔低，说明WHBE兔群体的基因纯合度高于其他两个品系，具有更优的遗传稳定性。9个WHBE兔特有的等位基因可作为区分WHBE兔封闭群和其它两个品系实验兔的分子标记。