Establishment of a New SNP Genotyping Method with Pfu DNA Polymerase Assay in the Rat
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Affiliation:
National Institute for Food and Drug Control，Beijing 100050，China
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摘要:
目的 应用高保真酶( Pfu) 和 3’末端修饰引物在单管双向等位基因特异性扩增( SB-ASA) 中 区 分SNP 基因型，建立高保真酶特异性检测 SNP 基因型的新 方 法。方 法 选取近交系大鼠 SNP 位 点，以 RS8149053 为例，设计两个外部引物和两个等位基因特异性引物，四引物 3’末端进行硫代磷酸化修饰，应用高保真聚合酶( Pfu)进行特异性扩增，扩增结果测序验证其可靠性。结 果 在 RS8149053 SNP 位 点( C /T) 上，等 位 基 因 型 CC 扩 增 出179 bp 目的片段，基因型 TT 扩增出 597 bp 目的片段，基因型不同则扩增出分子量不同的片段，目的条带测序结果与 Rat Genome Database 数据库基因型结果一致，高保真酶扩增结果稳定且特异性强。结论 高保真酶等位基因特异性扩增技术能有效降低假阳性率，是一种快速、特异的 SNP 基因分型新方法。
Abstract:
Objective To establish a new SNP genotyping method using Pfu DNA polymerase extend phosphorothioate-modified primers in a single tube bi-directional allele specific amplification ( SB-ASA) ． Methods For rat dbSNP loci rs8149053， we designed two outer and two inner allele-specific primers that were 3 ’-terminal phosphorothioate modified． Pfu DNA polymerase was used to specifically amplify the genome template and the SNP genotype was determined by different target segment DNA eletrophoresis． Results Different length segments represented different genotypes that were validated by sequencing． Conclusions Pfu polymerase genotyping assay is a rapid and specific method for detecting the genotype of the known SNP in a single PCR reaction．
参考文献
相似文献
引证文献
引用本文
王淑菁,岳秉飞.高保真酶特异性检测大鼠 SNP 基因型新方法[J].中国比较医学杂志,2011,21(8):69~73.