树鼩BACE1 全长编码序列的克隆及分子特征分析

doi:10.3969/j. issn. 1671 -7856. 2019. 08. 001

首页 > 过刊浏览>2019年第29卷第8期 >1-10. DOI:10.3969/j. issn. 1671 -7856. 2019. 08. 001

树鼩BACE1 全长编码序列的克隆及分子特征分析
DOI:
                        10.3969/j. issn. 1671 -7856. 2019. 08. 001
                    
作者:
                        苗雨润苗雨润
中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,昆明 650118
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李明学李明学
中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,昆明 650118
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李娜李娜
中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,昆明 650118
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王文广王文广
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匡德宣匡德宣
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仝品芬仝品芬
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孙晓梅孙晓梅
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罕园园罕园园
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陆彩霞陆彩霞
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代解杰代解杰
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作者单位:(中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,昆明 650118)
作者简介:
通讯作者:
中图分类号:R-33
基金项目:

Cloning a full-length coding sequence of BACE1 in tree shrews and prediction of its molecular characteristics

Author:

MIAO Yurun
MIAO Yurun
Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Institute of Medical Biology, the Chinese Academy of Medical Science Sciences and Peking Union Medical College, Kunming 650118, China
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LI Mingxue
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LI Na
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WANG Wenguang
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KUANG Dexuan
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TONG Pinfen
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SUN Xiaomei
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HAN Yuanyuan
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LU Caixia
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DAI Jiejie
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Affiliation:

(Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Institute of Medical Biology, the Chinese Academy of Medical Science Sciences and Peking Union Medical College, Kunming 650118, China)

Fund Project:

摘要

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摘要:

目的获取树鼩β-淀粉样前体蛋白切割酶BACE1 (beta-site APP cleaving enzyme-1)的全长编码序列并进行分子特征分析,为开展AD 疾病的机制研究提供依据。方法提取树鼩大脑及其他脏器组织总RNA,通过RACE (rapid-amplification of cDNA ends)实验得到的序列与中间序列进行拼接得到树鼩BACE1 全长编码序列,使用DNAMAN、MEGA 10. 0. 5、PyMOL 等生物信息学软件,对其序列和分子特征进行分析。结果树鼩BACE1 除在脑组织表达外,在外周组织也有表达。树鼩BACE1 核酸序列和蛋白质分子整体结构与人类高度相似,树鼩与人类的BACE1 蛋白在膜内结构区均存在一个高度保守的DXXLL 的ACDL 分选内吞基序,两者具有相同的胞外域、跨膜域及胞内域,但树鼩BACE1 蛋白质相比人少一个潜在的乙酰基化位点,并且在折叠结构上存在差异。结论本研究获得树鼩BACE1 基因完整编码序列,其蛋白基本结构与人的基本相似,提示树鼩可能是作为研究AD 病理改变或药物研究潜在的理想模型。

关键词:树鼩;β-淀粉样前体蛋白切割酶;分子克隆;结构预测;系统发育分析

Abstract:

Objective To obtain the full-length coding sequence of β-amyloid precursor protein-cleaving enzyme(BACE1) and analyze its molecular characteristics. Methods Total RNAs from the brains and other organs of tree shrewswere used. The full-length coding sequence of BACE1 was obtained by splicing the sequence obtained via rapid amplificationof cDNA ends (RACE) with the intermediate sequence. Sequence and molecular characteristic analyses were performedusing DNAMAN, MEGA 10. 0. 5, PyMOL and other bioinformatics softwares. Results The BACE1 nucleic acid sequenceof tree shrews was highly similar to that of humans. The overall structures of the two protein molecules were highly similarand had the same extracellular, transmembrane and intracellular domains. Both the tree shrew and the human BACE1proteins had a highly conserved ACDL sorting endocytic motif of DXXLL in the intramembranous domain. However, the treeshrew BACE1 protein had one potential acetylation site compared with that of humans and differed in its folding structure.Conclusions The complete coding sequence of the BACE1 gene is obtained in our study, and the protein structure of treeshrews is similar to that of humans, suggesting that tree shrews may be an ideal model for studying pathological changes of Alzheimer’s disease or potential drug research.

Key words:tree shrew(Tupaia belangeri chinensis); BACE1; cloning; structural prediction; phylogenetic analysis

引用本文

苗雨润,李明学,李娜,王文广,匡德宣,仝品芬,孙晓梅,罕园园,陆彩霞,代解杰.树鼩BACE1 全长编码序列的克隆及分子特征分析[J].中国比较医学杂志,2019,29(8):1~10.

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收稿日期:2019-06-03
最后修改日期:
录用日期:
在线发布日期: 2019-09-12
出版日期:

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