基于16S rRNA 测序对树鼩肠道菌群特征与高级别肉瘤的相关性分析

doi:10.3969/j. issn. 1671 -7856. 2019. 08. 002

首页 > 过刊浏览>2019年第29卷第8期 >11-16. DOI:10.3969/j. issn. 1671 -7856. 2019. 08. 002

基于16S rRNA 测序对树鼩肠道菌群特征与高级别肉瘤的相关性分析
DOI:
                        10.3969/j. issn. 1671 -7856. 2019. 08. 002
                    
作者:
                        黄鑫黄鑫
1.昆明医科大学,昆明 650500; 2.中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,中国医学科学院医学生物学研究所实验树鼩标准化与应用研究省创新团队,昆明 650118
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古文鹏2古文鹏
中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,中国医学科学院医学生物学研究所实验树鼩标准化与应用研究省创新团队,昆明 650118
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黎晓慧2黎晓慧
中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,中国医学科学院医学生物学研究所实验树鼩标准化与应用研究省创新团队,昆明 650118
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李娜2李娜
中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,中国医学科学院医学生物学研究所实验树鼩标准化与应用研究省创新团队,昆明 650118
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贾杰2贾杰
中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,中国医学科学院医学生物学研究所实验树鼩标准化与应用研究省创新团队,昆明 650118
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李明学2李明学
中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,中国医学科学院医学生物学研究所实验树鼩标准化与应用研究省创新团队,昆明 650118
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代解杰代解杰
1.昆明医科大学,昆明 650500; 2.中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,中国医学科学院医学生物学研究所实验树鼩标准化与应用研究省创新团队,昆明 650118
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作者单位:(1.昆明医科大学,昆明 650500; 2.中国医学科学院/ 北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心,云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,中国医学科学院医学生物学研究所实验树鼩标准化与应用研究省创新团队,昆明 650118)
作者简介:
通讯作者:
中图分类号:R-33
基金项目:

Correlation analysis of intestinal tract microflora dysregulation and high-grade sarcoma based on 16S rRNA sequencing

Author:

HUANG Xin
HUANG Xin
1. Kunming Medical University, Kunming 650500, China. 2. Chinese Academy of Medical Sciences/ Peking Union Medical College, Institute of Medical Biology, Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Yunnan Key Laboratory of Major Infections Diseases Vaccine Development, Kunming 650118
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GU Wenpeng ^²
GU Wenpeng
Chinese Academy of Medical Sciences/ Peking Union Medical College, Institute of Medical Biology, Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Yunnan Key Laboratory of Major Infections Diseases Vaccine Development, Kunming 650118
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LI Xiaohui ^²
LI Xiaohui
Chinese Academy of Medical Sciences/ Peking Union Medical College, Institute of Medical Biology, Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Yunnan Key Laboratory of Major Infections Diseases Vaccine Development, Kunming 650118
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LI Na ^²
LI Na
Chinese Academy of Medical Sciences/ Peking Union Medical College, Institute of Medical Biology, Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Yunnan Key Laboratory of Major Infections Diseases Vaccine Development, Kunming 650118
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JIA Jie ^²
JIA Jie
Chinese Academy of Medical Sciences/ Peking Union Medical College, Institute of Medical Biology, Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Yunnan Key Laboratory of Major Infections Diseases Vaccine Development, Kunming 650118
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LI Mingxue ^²
LI Mingxue
Chinese Academy of Medical Sciences/ Peking Union Medical College, Institute of Medical Biology, Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Yunnan Key Laboratory of Major Infections Diseases Vaccine Development, Kunming 650118
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DAI Jiejie
DAI Jiejie
1. Kunming Medical University, Kunming 650500, China. 2. Chinese Academy of Medical Sciences/ Peking Union Medical College, Institute of Medical Biology, Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Yunnan Key Laboratory of Major Infections Diseases Vaccine Development, Kunming 650118
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Affiliation:

(1. Kunming Medical University, Kunming 650500, China. 2. Chinese Academy of Medical Sciences/ Peking Union Medical College, Institute of Medical Biology, Center of Tree Shrews Germplasm Resource, Yunnan Key Laboratory of Major Infections Diseases Vaccine Development, Kunming 650118)

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摘要:

目的检测高级别肉瘤的树鼩肠道微生物菌群结构,为探讨肠道微生物菌群结构的改变与肿瘤发生的相关性提供科学依据。方法选取3 例患有恶性高级别肉瘤树鼩粪便为CA 组,6 例健康树鼩粪便为对照NO组。通过16SV3+4 区引物进行细菌多样性的鉴定,通过对Reads 剪切过滤,OTUs 聚类,并进行物种注释及丰度分析,得出两组树鼩肠道微生物结构、丰度以及多样性。结果比较CA 组和NO 组树鼩肠道微生物结构,多样性指数Chao1 指数值、ACE 指数值、Shannon 指数值差异无统计学意义( P >0. 05)。NO 组的树鼩肠道菌群OTUs 为640种,而CA 组为494 种,健康树鼩肠道菌群结构呈多样性。在门水平上比较,其中CA 组中螺旋体门(Spirochaetes)丰度为0. 03%,低于NO 组(丰度为0. 12%),且差异有统计学意义( P <0. 05);CA 组厚壁菌门(Firmicutes)丰度为77. 79%高于NO 组(47. 65%),但差异无统计学意义;CA 组的拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度为0. 75%低于NO 组(8. 31%),但差异无统计学意义。CA 组中的乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标识。结论患有高级别肉瘤树鼩的肠道菌群结构丰度和多样性低于健康树鼩,肠道菌群的结构改变及厚壁菌门含量增加可能增加恶性肿瘤的发生。

关键词:肠道菌群;高级别肉瘤;16srRNA 测序;树鼩

Abstract:

Objective To investigate the distribution of intestinal microflora in tree shrews with high-gradesarcomas and healthy tree shrews and compare their intestinal microbial structure and diversity, and to explore therelationship of intestinal microflora between high-grade sarcoma and healthy one in tree shrews. Methods Feces from threetree shrews with malignant high-level sarcomas were selected as the CA group, and feces from 6 healthy tree shrews wereused as the control group (NO). Bacterial diversity was identified using primers in the 16S V3+4 region. The intestinalmicrobial structure, abundance and diversity were obtained for both groups by cutting and filtering reads, clusteringoperational taxonomic units (OTUs), and analyzing the species annotation and abundance. Results The intestinalmicrobial structure of the tree shrews in the CA and NO groups were compared, and the Chao1 diversity, ACE and Shannonindices did not show significant differences ( P >0. 05). The NO group contained 640 OTUs, and 494 OTUs were found inthe CA group. At the phylum level, the abundance of Spirochaetes in the CA group was 0. 03%, which was significantlylower than that in the NO group (0. 12%; P <0. 05). The abundance of Firmicutes in the CA group was 77. 79%, whichwas higher than that in the NO group (47. 65%), but the difference was not statistically significant. The Bacteroidetesabundance in the CA group was 0. 75% lower than that in the NO group (8. 31%), but this difference was also notstatistically significant. Lactobacillus was a statistically significant biomarker in the CA group. Conclusions The structuralabundance and diversity of the intestinal microflora in tree shrews with high-grade sarcomas are lower than those in healthy tree shrews.

Key words:intestinal microflora; high-grade sarcoma; 16S rRNA; sequence; tree shrews

引用本文

黄鑫,古文鹏,黎晓慧,李娜,贾杰,李明学,代解杰.基于16S rRNA 测序对树鼩肠道菌群特征与高级别肉瘤的相关性分析[J].中国比较医学杂志,2019,29(8):11~16.

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收稿日期:2019-06-03
最后修改日期:
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在线发布日期: 2019-09-12
出版日期:

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