Ø  1991年，中国实验动物学会创办《中国实验动物学杂志》，季刊，64页，主编为当时的中国医学科学院医学实验动物研究所所长卢耀增教授。

Ø  1993年，首届正式编委会成立，著名实验动物学专家方喜业担任主编。

Ø  1999年，期刊被“中国学术期刊综合评价数据库”“中国期刊网”“中国学术期刊（光盘版）”全文收录。

Ø  2000年，期刊被“中国知识基础设施工程（CNKI）中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）”收录。同年，由季刊改为双月刊；并扩版为大16开。

Ø  2002年，期刊更名为《中国比较医学杂志》；向北京报刊局申请了邮发代号(82-917)；为增加办刊经费，向北京工商局办理了广告经营许可证（京朝工商广字第0220号）。

Ø  2004年，期刊被中国科技信息所万方数据股份有限公司“中国核心期刊（遴选）数据库”、科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊）、“中国生物学文摘”和“中国生物学文献数据库”收录。

Ø  2005年，期刊被解放军医学图书馆的“中文生物医学期刊文献数据库-CMCC”及“中国生物医学期刊引文数据库-CMCI”收录。

Ø  2006年，期刊由双月刊调整为月刊。

Ø  2008年，编委会换届，组成了由实验病理学专家秦川为主编共110名专家的第二届编委会。同年，增加页码到80页。

Ø  2009年，期刊被WHO西太平洋地区医学索引（WPRIM）收录。

Ø  2010年，增加主办单位中国医学科学院医学实验动物研究所，并重新申请广告许可证（京朝工商广字第8131号）。

Ø  2012年，开通在线投稿系统，基本实现了无纸化办公。同年被美国化学文摘（CA）收录。

Ø  2013年，编委会换届，组成了由秦川为主编共176名专家的第三届编委会。

Ø  2014年，期刊被“中文核心期刊要目总览（北大核心）”收录。

Ø  2016年，期刊增加页码到92页，全刊彩色印刷。

Ø  2018年，编委会换届，组成了由秦川为主编、6位院士为顾问、14位学科带头人为副主编、100位专家为编委的第四届编委会。同年，增加页码到130页。

Ø  2021年，期刊入选期刊出版能力提升计划项目。

Ø  2024年，期刊被新华网收录。同年，增加页码到180页。

Ø  2025年，期刊入选中国科技期刊提能拓展计划。同年，被波兰哥白尼索引期刊数据库（ICI）正式收录。

Ø  2026年，期刊由月刊调整为半月刊，页码150页。